原爆ドームは原爆の惨禍を示すシンボルとして知られるようになったが、一方では「悲惨な戦争を思い出すので撤去すべき」などの意見もあり、その存廃が議論されてきた。
1966年広島市議会が永久保存することを決議し、風化を防ぐため定期的に補修工事が行われている。1995年史跡に指定され、さらに翌1996年12月5日には、ユネスコの世界遺産（文化遺産）への登録が決定された。
最近では立ち入り禁止区域に入っての落書きなども問題になっている。
また、2004年以降、原爆ドームの保存方針を検討する「平和記念施設あり方懇談会」が開催され、博物館に移設する、
屋根をつける、などの議論も出たが、2006年に今後も原状のまま保存する方針が確認された。
